Café, même décaféiné : la signature Lawsonibacter dans l’intestin en dit-elle plus sur votre santé digestive ?

Le café laisse-t-il une trace dans les bactéries de l’intestin ? Une étude publiée le 18 novembre 2024 dans Nature Microbiology apporte une réponse étonnamment précise : sa consommation est fortement associée à l’abondance de Lawsonibacter asaccharolyticus. Le résultat intéresse moins par une promesse de « bon microbiote » que par ce qu’il rend visible : un aliment courant peut être lié à une espèce particulière, au sein d’un écosystème très complexe. Cette signature ne mesure pas un soulagement digestif. [1]

Une bactérie ressort parmi des milliers de profils intestinaux

Les chercheurs ont rapproché les habitudes alimentaires déclarées et les profils microbiens de participants de cohortes britanniques et américaines. Après exclusion des consommations extrêmes, l’analyse des catégories de buveurs de café portait sur 22 867 personnes. Pour repérer les espèces, ils ont analysé l’ADN des microbes dans les selles : cette méthode décrit la communauté présente, plutôt que les symptômes ressentis.

Dans les cohortes étudiées, l’abondance relative médiane de Lawsonibacter était 4,5 à 8 fois plus élevée chez les grands consommateurs que dans le groupe qui buvait peu ou pas de café. Ce dernier regroupait les consommations inférieures à trois tasses par mois, et le groupe élevé celles dépassant trois tasses par jour selon les seuils de l’étude. « Abondance relative » désigne la place de cette espèce dans le profil microbien : le chiffre n’est ni un nombre de bactéries par intestin, ni une mesure de leur efficacité. [1]

La distinction compte, car la bactérie était déjà détectée chez une grande majorité des participants américains du groupe peu ou pas consommateur. Le café n’apparaît donc pas comme la condition indispensable à son existence. Il est associé à une place plus importante de cette espèce dans la communauté. L’intérêt de la découverte est cette relation alimentaire précise, pas l’identification d’une bactérie que seuls les amateurs de café posséderaient.

Le décaféiné déplace la question au-delà de la caféine

Quand les auteurs ont séparé café caféiné et décaféiné dans les cohortes disposant de ces informations, l’association avec Lawsonibacter persistait aussi pour le décaféiné. Leur analyse tenait notamment compte de l’âge, du sexe, de l’indice de masse corporelle et de la consommation de l’autre type de café. Cela oriente la recherche vers d’autres constituants de la boisson, sans identifier à ce stade un ingrédient unique responsable. [1]

Le café est en effet un mélange, et pas seulement un véhicule pour la caféine. Il contient notamment des polyphénols, dont l’acide chlorogénique, que les microbes intestinaux peuvent transformer. Pour comprendre la relation observée, la question devient donc : quelles substances favorisent cette bactérie, et quelles transformations réalise-t-elle ? C’est une piste plus féconde que de réduire l’effet du café sur le microbiote à son pouvoir stimulant.

Dans les cultures, le café stimule sa croissance

Les chercheurs ont ensuite cultivé une souche de Lawsonibacter asaccharolyticus en ajoutant du café au milieu de culture. Ils ont testé des préparations moka et solubles, avec leurs versions décaféinées. Le café a stimulé la croissance de la bactérie en laboratoire, y compris sans caféine. Cette expérience apporte un élément que les seuls questionnaires ne pouvaient fournir : dans ces conditions contrôlées, le café agit directement sur la croissance de la souche. [1]

Le milieu contenait aussi les nutriments nécessaires à la culture. L’expérience ne montre donc pas une bactérie qui se nourrirait exclusivement des fibres du café. Et cultiver une souche séparément permet de poser une question différente de celle d’un intestin, où des espèces multiples interagissent. Le travail relie deux observations complémentaires : une signature chez les consommateurs et une réponse au café dans une culture.

Fermentés : dans un essai chez des adultes sains, moins de marqueurs inflammatoires ne prouve pas moins d’infections

Un essai alimentaire sur les fermentés distingue diversité du microbiote, marqueurs inflammatoires et protection contre les infections.

Lire l’article →

Medilax

Une signature alimentaire n’est pas encore un bénéfice pour le ventre

Cette manière d’étudier l’alimentation aide à sortir d’un classement simpliste entre « bonnes » et « mauvaises » bactéries. Une espèce plus abondante peut renseigner sur ce que l’on consomme, sans devenir un objectif à maximiser. Ici, les profils distinguaient mieux les consommateurs des non-consommateurs que les consommateurs modérés des grands buveurs. Boire davantage ne correspondait pas à une augmentation nette et régulière à chaque niveau de consommation. [1]

Les analyses de sang ouvrent une autre fenêtre sur cette relation. Chez des buveurs de café, une abondance plus élevée de Lawsonibacter était associée à davantage d’acide quinique et de molécules apparentées, dont plusieurs restaient mal identifiées. Ces résultats orientent vers des voies de transformation des composés du café. Les auteurs n’ont toutefois pas pu confirmer précisément l’activité des gènes impliqués. C’est le fonctionnement de cette interaction qui reste à comprendre, au-delà de la présence de la bactérie. [1]

Pour quelqu’un qui cherche à réduire des ballonnements ou des douleurs abdominales, la question pertinente est encore différente : les symptômes changent-ils ? L’étude n’évalue pas ce bénéfice et ne teste pas un traitement probiotique. Elle ne fournit ni souche à prendre, ni dose, ni durée de traitement. Passer d’une association alimentaire à une intervention digestive demanderait d’étudier ces effets chez les personnes concernées.

Faut-il changer son café pour modifier son microbiote ?

Les catégories de consommation utilisées servent à comparer des profils, pas à fixer une ordonnance alimentaire. Rien dans ce travail ne justifie de commencer le café ou d’augmenter sa quantité pour atteindre un niveau de Lawsonibacter. De même, trouver peu de cette bactérie dans un profil de selles ne permet pas d’en déduire un « manque de café » à corriger : l’étude ne définit aucun seuil individuel souhaitable. La question de l’interprétation des tests du microbiote se pose précisément à cet endroit, quand un résultat descriptif devient une consigne personnelle.

Un même prélèvement, des avis opposés : que révèlent vraiment les tests du microbiote sur votre santé intestinale ?

Des sociétés ont tiré des interprétations différentes du même prélèvement : ce que cela change pour les conseils fondés sur un profil intestinal.

Lire l’article →

Medilax

La quantité de caféine demeure, elle, une question distincte de cette signature bactérienne. L’EFSA considère que jusqu’à 200 mg par prise et 400 mg par jour, toutes sources confondues, ne soulèvent pas de préoccupation de sécurité pour la population adulte générale en bonne santé, hors grossesse. Ces repères ne sont pas des objectifs à atteindre ; pendant la grossesse, le repère quotidien est de 200 mg. Dès 100 mg près du coucher, la caféine peut modifier le sommeil chez certains adultes. La teneur d’une tasse varie avec les grains et la préparation, ce qui empêche de traduire ces quantités en un nombre universel de cafés. [2]