Virus Shamonda : transmis aux vaches par des moucherons de 1 à 3 mm, il a infecté un humain. Les éleveurs et les vétérinaires sont-ils plus exposés ?

Le 22 octobre, les ministères de la Santé et de l’Agriculture ont annoncé une première mondiale : le virus Shamonda, connu jusque-là uniquement chez l’animal, a été détecté chez un être humain, un patient très fortement immunodéprimé soigné aux Hospices civils de Lyon et mort début octobre. [1] Ce virus circule depuis l’été dans les élevages bovins français, transmis par de minuscules moucherons piqueurs, les culicoïdes. La publication scientifique consacrée au cas, parue le même jour dans la revue Eurosurveillance, apporte des précisions que les annonces officielles ne donnaient pas : le virus était déjà présent dans le sang du patient le 2 juillet, près de trois mois avant ses premiers troubles neurologiques. [4] De quoi éclairer la question que se posent ceux qui vivent et travaillent au milieu des troupeaux.

Le virus Shamonda, un virus des bovins arrivé en Europe cet été

Le virus Shamonda appartient au genre Orthobunyavirus. Il a été isolé pour la première fois chez des bovins au Nigeria en 1965, puis signalé dans plusieurs régions d’Afrique et au Japon. [3] Il est proche du virus de Schmallenberg, apparu dans les élevages européens en 2011. [5] Jusqu’en 2026, il n’avait jamais été vu en Europe. Des épisodes de maladie ont été observés dès juin dans des élevages laitiers de l’Est de la France, avant que le virus soit identifié fin juillet. [3] Deux nouvelles lignées circulent : celle retrouvée chez le patient, appelée SHAV-EU1, a été détectée en France, dans le sud de l’Allemagne, en Suisse, en Autriche, en Italie, en Espagne et au Portugal. [4]

Chez la vache, l’infection se traduit le plus souvent par de la fièvre, une baisse de la production de lait et de la diarrhée, des signes en général passagers. Chez une femelle gestante, elle peut provoquer des avortements et de graves malformations du veau. [5] Au 20 octobre, des bovins avaient été touchés dans 52 départements de l’Hexagone, soit plus d’un sur deux, ainsi que des moutons dans l’Oise et l’Aveyron et un cheval dans l’Hérault. [2] Il n’existe ni vaccin ni traitement, et cette maladie animale n’est soumise à aucune mesure officielle de surveillance ou de lutte. [5]

Les culicoïdes, des moucherons de 1 à 3 mm qui piquent surtout au crépuscule

Le virus passe d’un animal à l’autre par la piqûre de moucherons du genre Culicoides, le même insecte qui transmet la fièvre catarrhale ovine (FCO) et la maladie hémorragique épizootique (MHE) des ruminants. [5] Les autorités vétérinaires ne rapportent pas de transmission directe notable entre animaux, sauf de la mère au fœtus pendant la gestation. [3] La propagation rapide dans les élevages s’explique donc par des insectes qui piquent tout le troupeau. [3]

Ces moucherons sont bien plus petits qu’un moustique et leurs habitudes expliquent qui ils atteignent : [6]

• ils mesurent de 1 à 3 mm et volent en essaims ;
• seules les femelles piquent, pour un repas de sang nécessaire à leurs œufs. Leurs cibles favorites sont les ruminants, les chevaux… et les humains ;
• ils sont surtout actifs au crépuscule, entre 15 et 35 °C, et piquent surtout en extérieur ;
• ils pondent dans les zones humides riches en matière organique : bords de mare, tas de fumier, bouses, aires d’ensilage ;
• un moucheron infecté le reste à vie, et chez l’animal une seule piqûre suffit à transmettre un virus.

Ce que la publication scientifique révèle du premier cas humain

L’article publié par les équipes lyonnaises décrit un patient d’une soixantaine d’années, traité depuis fin 2025 pour une leucémie, qui avait reçu une greffe de cellules souches le 26 août. [4] Ces traitements avaient presque entièrement privé son organisme de défenses. Le 23 septembre, il perd brutalement la vue et devient confus, puis tombe dans le coma. Les analyses habituelles ne trouvant rien, les biologistes ont séquencé tout le matériel génétique présent dans son liquide céphalorachidien, ce qui a orienté vers le virus Shamonda. [3] Il est mort le 9 octobre, 16 jours après les premiers signes neurologiques. [4]

En testant après coup les prélèvements conservés par l’hôpital, les chercheurs ont retrouvé le virus dans le sang dès le 2 juillet, puis à plusieurs reprises jusqu’aux premiers troubles, 83 jours plus tard. [4] Le greffon, lui, était négatif : la greffe n’a pas transmis le virus. L’équipe situe donc l’infection entre mi-juin et le 1er juillet, et note qu’un épisode de diarrhée et de perte d’appétit, le 19 juin, ressemblait aux signes observés chez les vaches. [4] Le patient vivait en zone rurale, dans une région où le virus circulait chez les animaux, et n’était hospitalisé en continu à Lyon que depuis le 18 août. [4]

Les complications cérébrales seraient « très probablement liées » à l’infection, selon le communiqué officiel. [1] L’Inserm rappelle toutefois que la présence du virus dans l’organisme ne suffit pas, à elle seule, à montrer qu’il est responsable de l’ensemble des troubles du patient. [3] La piste d’une piqûre de moucheron près de son domicile reste la plus probable ; une transfusion ou une contamination par l’alimentation sont jugées moins probables et ne reposent sur aucun élément à ce stade. [4] Le séquençage a aussi relevé dans le virus du patient cinq mutations absentes des souches animales : on ne sait pas encore si elles facilitent l’infection des cellules humaines. [4]

Éleveurs et vétérinaires : les plus piqués, mais aucun cas repéré chez eux

Si l’on suit la biologie des culicoïdes, les personnes les plus exposées sont celles qui passent leurs soirées près des troupeaux, des fumières et des prés humides : éleveurs, vétérinaires ruraux, salariés agricoles, et dans une moindre mesure les habitants des campagnes. [6] Pourtant, aucune autre infection humaine n’a été mise en évidence, alors que le virus touche des bovins dans plus de la moitié des départements depuis l’été. [4] La publication ne précise pas la profession du patient ; elle indique qu’il vivait à la campagne. [4]

Pour Santé publique France, ce premier cas « s’explique par le caractère exceptionnel de l’état de santé du patient », marqué par une immunodépression profonde. [2] C’est ce facteur, plus que le métier ou le lieu de vie, qui distingue ce cas des piqûres reçues chaque été dans les zones d’élevage. L’équipe lyonnaise fait la même lecture : la faiblesse extrême de ses défenses a sans doute permis au virus de s’installer et de se répandre dans plusieurs organes, alors qu’il semble en général mal adapté à l’être humain. [4] Aucune transmission d’une personne à une autre n’a été observée, et les autorités n’identifient pas de risque pour la population générale. [2] Les recommandations officielles adressées aux éleveurs et aux vétérinaires portent sur les troupeaux : appeler le vétérinaire en cas de fièvre, de chute de lait ou de diarrhée pendant la saison des insectes, surveiller ensuite les avortements et les veaux malformés, et limiter les gîtes de ponte comme les effluents liquides et les eaux stagnantes. [5]

Lait, viande, hiver : les questions encore ouvertes

Aucune donnée scientifique ne documente une transmission du virus Shamonda par la viande, le lait ou les produits laitiers, et les produits issus d’animaux malades sont de toute façon exclus de la consommation. [5] Les auteurs de la publication jugent une contamination par le lait cru ou le fromage au lait cru « improbable », le virus n’ayant pas été signalé dans le lait. [4]

Restent les inconnues que l’enquête « Une seule santé », qui associe médecins, vétérinaires et entomologistes, doit lever : le moment exact de l’infection, la comparaison du génome du virus humain avec les souches animales, l’analyse des moucherons capturés pendant la saison et l’étude des cas neurologiques chez les chevaux. [2] Le Centre national de référence des arbovirus travaille aussi à de meilleurs tests pour détecter le virus chez l’humain. [2]

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